El Tribunal sostiene que la Administración «carece de información precisa acerca del destino efectivo de los fondos estatales que se transfieren a la iglesia católica».
El informe provisional que el Tribunal de Cuentas ha estado realizando de la fiscalización de la asignación tributaria de la Iglesia Católica, así como algunas subvenciones que reciben otras religiones minoritarias, reconoce que la asignación tributaria es una detracción de ingresos del presupuesto y por tanto no es un impuesto religioso que afecte sólo a los católicos sino, simplemente, una pérdida de ingresos en el dinero público lo que afecta a todos los ciudadanos. En este sentido, y según un comunicado emitido por Europa Laica, «esta fórmula de asignación tributaria esté vulnerando el principio de aconfesionalidad del Estado».
El Tribunal de Cuentas ha comprobado que la única obligación que tiene la Iglesia de justificar estos ingresos públicos (en el año 2017, 268 millones) es a través de la entrega de una Memoria justificativa de gastos, memoria que, en opinión del Tribunal de Cuentas, y en sintonía con lo que Europa Laica viene denunciando, no es tal y más bien cabe considerase una memoria de actividades, y, por tanto, no responde a lo acordado de justificar el gasto de los ingresos tributarios. Asimismo, el Tribunal de Cuentas responsabiliza a la Administración española de la desidia en el escrutinio de esa Memoria, ya que nunca se ha puesto pega alguna a la misma y nunca se han formulado objeciones de ningún tipo.
Aun, en estas condiciones, el Tribunal de Cuentas considera que el superávit declarado por parte de Iglesia católica de 19,3 millones de euros y 15,9 para el año 2016 y 2017 es atípico ya que no existe ningún acuerdo para mantener superávits. El hecho mismo de declarar la existencia de superávits es una señal de que el Estado, a través de la asignación tributaria, da más dinero de lo necesariamente declarado como necesidades de sostenimiento de la iglesia. Asimismo, el Tribunal de Cuentas alerta de que no exista ningún plan para alcanzar la autofinanciación de la Iglesia Católica, algo pactado en los Acuerdos de 1979 y las Administraciones no han mostrado interés en exigir una evaluación de la autofinanciación o del camino a la autofinanciación.
En cuanto a las exenciones tributarias, el Tribunal de Cuentas pone en cuestión todo el sistema, ya que no da seguridad de comprobación de las exenciones y de los beneficios fiscales para las 27.073 entidades categorizadas como confesiones religiosas según los criterios de la Agencia Tributaria; por ejemplo, en una análisis de los beneficios del impuesto de sociedades los cifra el informe en 187 millones de euros para el año 2017 sin embargo el propio Tribunal de Cuentas considera que esta estimación carece de valor cierto ya que las entidades que presentaron declaración es infinitamente inferior aquellas que estarían obligadas a hacerlo sin sanción alguna por parte dela AEAT.
Finalmente, en el informe provisional el Tribunal de Cuentas censura absolutamente la gestión de la Fundación de Pluralismo y Convivencia en las gestiones de las subvenciones concedidas por esta entidad pública, a las confesiones minoritarias que en el año 2017 ascendieron a 901. 164 euros ya que no se puede comprobar las obligaciones derivadas de la ley de subvenciones. Un desorden de gestión que hace imposible valorar convenientemente el cumplimiento de los objetivos pretendidos con estas subvenciones en parte por la incapacidad de estas entidades religiosas, evangélicas, judías o musulmanas de cumplir con las obligaciones que requieren la recepción de subvencione públicas. El Tribunal de Cuentas, visto el desorden en la concesión de estas subvenciones, recomienda que se establezcan nominativamente en el Presupuesto del Estado, recomendación que Europa Laica no comparte.
En opinión de Europa Laica, el informe del Tribunal de Cuentas corrobora las denuncias que la asociación viene haciendo y el «carácter de patraña» que tiene la Memoria de la Iglesia católica. Por lo demás, Europa Laica hace hincapié en «la desidia de los gobiernos y las administraciones en el control del dinero público cuando se trata de regalárselo a la Iglesia Católica». Para Europa Laica «es el momento de que el gobierno progresista cumpla con las promesas electorales de los partidos que lo componen y proceda a denunciar los Acuerdos con la Santa Sede del año 1979 y acabe con este vergonzoso sistema de detraer de nuestros impuestos dinero para una iglesia que ni siquiera, de forma arrogante, justifica sus gastos, además de contradecir el principio constitucional de aconfesionalidad del Estado».
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